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Esta obra, también conocida como Segunda parte de los Comentarios reales, fue anunciada en los preliminares de la traducción de los Diálogos de amor en 1586. Aun cuando la obra cronística del Inca estuvo concebida como como una unidad, esta fue impresa como Historia general debido a una decisión de los responsables de su edición.

La Historia general del Perú comprende unos cuarenta años (1532 y 1572): la conquista del Perú, la memoria de su padre conquistador, las penosas guerras civiles entre españoles y el final del linaje real incaico. Muchos sostienen que esta obra es menos original que la primera parte, debido a que el Inca compone su relato a partir de citas de otros cronistas. No obstante, se debe notas que justamente en el comento y glosa que hace de las fuentes, el autor construye, por un lado, su autoridad y, por otro, recompone la figura del padre a quien construye como un paradigma que semeja las virtudes de incas paradigmáticos.